Laureato in Giurisprudenza inizia la sua carriera di attore e comico debuttando allo Zelig di Milano nel 1989. Nello stesso anno la prima partecipazione televisiva. Lo vediamo infatti accanto a Zuzzurro e Gaspare, Teo Teocoli, Silvio Orlando, Athina Cenci, Giorgio Faletti e Carlo Pistarino nella trasmissione Emilio. Il successo della trasmissione è tale che nel 1990 riparte un'edizione speciale del programma.Sempre nello stesso anno Gene è ospite fisso nella trasmissione Il gioco dei nove condotta da Gerry Scotti, nella quale si distingue per la sua comicità stralunata e surreale.
Successivamente Gene si cimenta nella scrittura. Esce, edito da Garzanti, il suo primo libro dal titolo Una lieve imprecisione, una raccolta di racconti che raccoglie apprezzamenti anche dalla critica. È la volta poi della sit com I vicini di casa, ambientata in un condominio, nella quale Gene interpreta il geniale inventore di giochi per bambini, Eugenio Tortelli. 
Nel 1992 presenta con Teo Teocoli Scherzi a parte debuttando come conduttore televisivo. Nel 1993, invece, partecipa alla prima edizione di Mai dire gol, creando nuovi e divertenti personaggi come il bergamasco Ermes Rubagotti o cimentandosi nella divertente parodia della giornalista sportiva Donatella Scarnati. Esce poi il suo secondo libro Stati di famiglia, cronaca buffa e malinconica di personaggi alle prese con il nonsenso della vita di ogni giorno. 
Nel 1995 Marino Bartoletti, direttore della Testata giornalistica sportiva, invita Gene come ospite fisso al Processo del lunedì, la famosa trasmissione viene così condita dalla satira dissacrante di Gnocchi sempre pronto a tirar fuori battute esilaranti. Nello stesso anno porta in tournée lo spettacolo Tutta questa struttura è suscettibile di modifica, per la regia di Antonio Syxty. Un nuovo tipo di sperimentazione teatrale che prende spunto da un originale tentativo di interazione con il pubblico in sala. Esce in quest'anno anche il suo terzo libro Il signor Leprotti, che racconta la storia di un triste clown della metropoli tra avventure mancate e assassini falliti. Sempre nel 1995 è il protagonista del film per la tv Occhio di falco. Per il grande schermo, invece, partecipa insieme a Margherita Buy, alla commedia agrodolce di Giuseppe Piccini, Cuori al verde. Continua la sua carriera di attore con il film Metalmeccanico e parrucchiera... per la regia di Lina Wertmüller. 
Nel 1997 in coppia con Tullio Solenghi conduce il popolare tg satirico Striscia la notizia, il successo è tale che la coppia viene riconfermata anche per l'anno successivo. Sempre nel '97 scrive con Francesco Freyrie e poi interpreta Dillo a Wally, talk show di casi umani e disumani, feroce e intelligente satira della tv. Più tardi Gene scrive un dizionario ironico Il mondo senza un filo di Grasso, che riscuote un discreto successo. 
Nel 1998 è la volta di Meteore, programma alla ricerca di personaggi un tempo famosi e oggi dimenticati, condotto da Gene con successo nel ruolo del guastatore- presentatore. Nello stesso anno comincia la sua avventura nella trasmissione sportiva Guida al campionato. Lavora poi in teatro con lo spettacolo Santo Sannazzaro fa una roba sua, scritto da lui e da Francesco Freyre, per la regia di Daniele Sala. Lo spettacolo narra delle tragiche e grottesche avventure di un capocomico. 
Nell'autunno 2000 Gene torna a lavorare in televisione su Rai Due con la trasmissione Perepepè, un programma che porta la comicità nel mondo della musica. 
Dal 2000 è tra i protagonisti di Quelli che il calcio..., condotto da Simona Ventura.

Dal 16 Aprile 2004 Gene Gnocchi accompagna Amedus nella conduzione del nuovo Reality di Raidue, "Music Farm".
Dagli studi del capoluogo lombardo della Rai il comico sarà in collegamento con il programma il Venerdì in prima serata.